馬藍的根莖，可入藥。性寒味苦，具清熱解毒、涼血利咽之效。主治熱毒斑疹、丹毒、咽喉腫痛等症，亦用於防治流行性感冒、腮腺炎、腦炎及傳染性肝炎。