因宗教紛爭所引起的戰爭。如十六、十七世紀歐洲宗教改革後，西班牙國王派遣無敵艦隊征英之役，其藉口便是捍衛舊教，討伐新教。三十年戰爭更為慘烈，因神聖羅馬帝國皇帝壓迫境內新教活動，遂由內戰演變成國際性戰爭，所幸戰後各國簽訂條約，確立了宗教信仰自由的原則，並承認各新教教派的獨立地位。